Tzw. Nowa Synagoga powstała w latach 70. XIX wieku. 29 czerwca 1879 roku odbyło się uroczyste wmurowanie kamienia węgielnego pod budowę nowej świątyni. Uroczystość poświęcenia synagogi odbyła się dwa lata później, 3 maja 1875 roku.

W kolejnych latach budynek był wielokrotnie przebudowywany. W styczniu 1922 roku synagoga padła ofiarą kradzieży, podczas której zaginęły prawie wszystkie przedmioty ze srebra.

W nocy z 9 na 10 listopada, podczas "nocy kryształowej", na terenie całych Niemiec hitlerowskie bojówki zorganizowały atak na liczne nieruchomości należące do Żydów.

W Szczecinie zniszczono wiele sklepów, mieszkań i klubów sportowych, zbeszczeszczono cmentarz przy obecnej ul. Ojca Beyzyma i znajdującą się tam kaplicę. Podpalono również synagogę przy u Dworcowej.

Z płonącej świątyni udało się uratować zwoje Tory, które następnie trafiły do synagogi w Hamburgu. Niestety tam zostały ostatecznie zniszczone wskutek bombardowań w 1942 roku.

Ruiny spalonej synagogi zostały zburzone w 1940 roku. Po wojnie w jej miejscu powstał jeden z kilku bloków mieszkalnych znajdujących się przy ul. Dworcowej.

Jednym z nielicznych śladów po dawnej świątyni jest fragment muru, na którym w 1999 roku umieszczono pamiątkową tablicę w trzech językach.